Sains bukanlah suatu hal yang
selalu dianalogikan dengan fenomena, rumus-rumus, dan kimiawai. Pembelajaran
sains terutama pada pembelajaran Ilmu Pengetahuan Alam (IPA) merupakan salah
satu mata pelajaran wajib yang termasuk ke dalam kriteria ketuntasan kelulusan
sekolah di SMP Al-Muttaqin. Selain itu IPA merupakan mata pelajaran yang termasuk
ke dalam kriteria wajib pada ketuntasan lulusan sekolah yang harus dicapai
peserta didik. Selain mata pelajaran IPA kriteria kelulusan yang wajib di
tempuh oleh peserta didik di SMP Al Muttaqin yaitu Fiqih, Aqidah,
Matematika dan IPA.
Pada mata pelajaran Ilmu
Pengetahuan Alam yang memiliki dua cabang mata pelajaran yakni Fisika dan
Biologi, peserta didik dituntut untuk mampu dalam praktikum serta pendalaman teori
sains. Namun teori dan praktikum yang berlandaskan saintifik ini tidak akan
seimbang bilamana dalam pembelajaran sains tersebut tidak tersisipkan
nilai-nilai religi yang dapat menjembatani keseimbangan ilmu pengetahuan dengan
agama.